Na druhej strane sa objavujú názory, že celozrnné pečivo môže niektorým ľuďom spôsobovať tráviace ťažkosti...
Hoci celozrnné pečivo prospieva mnohým ľuďom, nie je univerzálne vhodné pre každého. Tráviace ťažkosti môžu mať viacero príčin a často nejde o samotné celozrnné obilniny, ale o individuálnu reakciu organizmu. Jedným z dôvodov môže byť náhly prechod z bieleho pečiva na celozrnné. Do čreva sa dostane viac vlákniny, na ktorú nie je telo zvyknuté, črevné baktérie ju začnú viac fermentovať a môže to spôsobiť pocit nafukovania, zvýšenej plynatosti, pocit plnosti. Tento stav je avšak len dočasný a v priebehu niekoľkých týždňov sa to upraví.
U iných sa môže objaviť tvrdšia stolica alebo zápcha, ktorá býva v dôsledku nedostatočného príjmu tekutín. Vláknina na seba viaže vodu, preto netreba zabúdať na pitný režim. Niektoré celozrnné výrobky obsahujú veľké množstvo otrúb. Otruby nemusia byť pre každého. Obsahujú nerozpustnú vlákninu, ale tá u citlivých ľudí môže zhoršiť nafukovanie, mechanicky dráždiť črevo a spôsobiť hnačku.
Samostatnú skupinu tvoria ľudia, ktorí trpia intoleranciou lepku- celiakou, neceliakálnou intoleranciou na lepok a ľudia s alergiou na pšenicu. V týchto prípadoch je problém v jednotlivých zložkách obilnín a nie vo vláknine. Tiež niektorí ľudia so syndrómom dráždivého čreva môžu mať tráviace ťažkosti po konzumácií celozrnného pečiva.
