Herečka mala krátko po 65-tke, keď sa jej zdravotný stav začal zhoršovať. Krátko pred Vianocami, v roku 2003, ju boli jej najbližší nútení odviesť do nemocnice na hospitalizáciu. ,,Mala problémy asi štyri roky. Niečo mala v bruchu, na začiatku to však nevyzeralo ako nádor, skôr ako cysta. Neskôr sa ukázalo, že to je pozitívne a po tom, ako si Helena zašla na kompletné vyšetrenie, zistilo sa, že je tam toho viac,'' prezradil režisér Zdeněk Troška v jednom z dokumentov. Napriek tomu sa herečka zaprela a do konca svojho života bojovala. Nemusela však bojovať len s rakovinou.
,,Urobili sme spolu desať kníh, z toho jedna vyšla až po jej smrti. Helena musela pracovať. Zo svojho malého dôchodku si nemohla dovoliť platiť nadštandardnú izbu v nemocnici, ktorú pritom potrebovala,'' uviedla po rokoch pre český portál spisovateľka Marie Formáčková, ktorá trávila posledné Helenine týždne s ňou. Herečka mala ťažkú rakovinu pľúc a po celom jej tele sa nachádzali metastázy. Do dnešného dňa si Marie pamätá na posledné slová, ktoré jej herečka povedala. ,,Dali jej náplasti s morfiom, cítila sa veľmi dobre. Vravela mi - ja odtiaľto opäť odtancujem. A to boli posledné slová, ktoré som od nej počula. Na druhý deň ju na jej prianie uviedli do umelého spánku, z ktorého sa už neprebudila a za deväť dní zomrela,'' spomína s ťažkým srdom herečkina dvorná spisovateľka.